화려함과 절망이 교차하는 거대 도시 키샤모스의 어둠의 거리 온몸이 쇠약해진 소년 제로(실험체 0번)가 칠흑 같은 어둠 속에서 필사적으로 달아나고 있다. 제로를 쫓는 이들은 하얀 가면과 검은 정장, 하얀 뱀 장식의 총을 든 잉그리드의 말단 추격조다. 그들은 제로를 실패작이라 비웃으며 처분을 시도하지만, 제로는 마지막 순간 주머니 속의 섬광탄을 이용해 위기를 모면하고 하수구로 몸을 던진다.

악취가 진동하는 하수구를 떠돌던 제로를 우연히 발견하고 거두어들인 것은, 현상금 2,300만 레이가 걸린 총잡이 데스퍼(D)였다. 데스퍼는 제로를 구출한후 자신을 잡으러온 현상금 사냥꾼을 섬멸하며 제로를 자신의 아지트인 ’하우스 제로‘로 데려온다, 제로는 그곳에서 데스퍼의 동료 잭,루나,오토,루비,휴머노이드 RX를 만나게 된다. 제로가 팀에 합류하자마자, 하우스 제로를 노리는 또 다른 지하세력인 두더지가 아지트를 습격하며 새로운 갈등의 불씨를 지핀다. 이들의 공격이 자신이 없는동안에도 공격이 가속화되었다는걸 알게된 데스퍼의 분노로 무기상 그리즐리를 찾기위해 가브로 가는 여정이 시작된다.