한 천재 과학자가 스퀘어 월드라는 다른 차원을 발견 후 스퀘어 월드의 자원을 독차지하려는 국가 간 암투 끝에 천재 과학자의 가족이 몰살 당하고 이에 그 과학자는 스퀘어 월드의 차원문을 세상에 열어버려 세상을 멸망시키려고 한 나흘 간의 회랑 사건을 일으킨다. 그 후 간신히 이를 저지한 세계는 스퀘어 월드를 공동 연구 및 서로를 감시하기 위한 초국가적 연구기관인 그라운드 제로를 설립한다. 한편 스퀘어 월드는 구인류가 아닌 선택 받은 인류만이 차지해야 한다는 주장을 내세운 천재 과학자의 조수인 빅터카엘은 자신을 추종하는 세력을 모아 블랙 이븐이라는 조직을 만든다. 블랙이븐은 스퀘어 월드라는 차원의 문을 여는 열쇠를 다알지는 못했지만 물리적 과학 외에 인간의 영적 파동인 양자 파동이 어떤 역할을 한다는걸 알게 된다. 이들은 고도화되어 자의식을 가진 수준의 피지컬 AI에 인간의 영적 양자 정보장을 융합 시키는 '싱크로스' 프로젝트를 진행하게 된다. 이들은 흔히 피지컬 AI에 빙의 또는 고스트 현상을 이룰 수 있는 인간이 기존 인류로는 불가능하다는걸 깨닫고 이것이 가능한 신인류 즉 '뉴제너레이션'을 배양하기 시작한다. 많은 실패 끝에 싱크로스 프로젝트가 완성되고 이들은 세상을 향해 멸망전을 펼치기 시작했다. 순식간에 수세에 몰린 인류는 그라운드 제로의 스퀘어 월드에 대한 연구성과를 이용하여 이들을 막으려 하지만 진전이 없던 연구 상황에 절망한다. 한편 블랙이븐은 인간을 닮은 형태에 기존과는 비교도 되지 않는 전투력을 자랑하는 피지컬AI인 이브 시리즈를 계획하고 첫 실험 도중 누군가에게 탈취를 당하게 된다.
